Do zmian fizycznych, oprócz wysychania i zwiększania wielkości komory powietrznej, należy zmiana konsystencji białka, które rzednie i traci lepkość, a tym samym zmniejsza się jego zdolność do zatrzymywania powietrza w ubijanej pianie.W czasie przechowywania jaja woda dyfunduje z białka do żółtka, zwiększa jego objętość i obniża procentową zawartość części stałych. Błona okołożółtkowa ulega osłabieniu i wskutek tego przy otwieraniu skorupy oddzielenie żółtka od białka jest dość trudne.Zmiany chemiczne zachodzące wraz z upływem czasu przechowywania jaja polegają na utracie C02 i wzroście pH, zmianie konsystencji białka spowodowanej przez hydrolizę alkaliczną, zwiększeniu w żółtku wolnego amoniaku oraz fosforanów nieorganicznych, a także na wzroście liczby kwasowej tłuszczu żółtka. Jednym z czynników wpływających na zmianę napięcia powierzchniowego białka jest odparowanie wody. Powoduje to obniżenie przydatności kulinarnej jaj przechowywanych dłuższy czas. pH jaja świeżego wynosi ok. 7,9 i podnośi się w ciągu pierwszych kilku dni przechowywania do 9,3 ulegając później już tylko niewielkim zmianom.